Werner fue el cuarto hijo de Christian Ferdinand Siemens (1787–1840) y su esposa Eleonore Henriette Deichmann (1792–1839), quienes fundaron una numerosa familia (eran en total catorce hermanos).
[1] Debido a que su madre murió en 1839 y su padre en 1840, siendo Werner el mayor de los varones debió asumir el papel de padre de sus hermanos. Como su familia perdió los recursos para darle una educación superior, ingresó en una academia de
artillería y llegó a ser
teniente de artillería del
ejército prusiano. A los treinta años de edad construyó en 1847 un nuevo tipo de
telégrafo, poniendo así la primera piedra en la construcción de
Siemens AG (en ese entonces Telegraphen-Bauanstalt von Siemens und Halske), fundada en octubre de ese mismo año junto con
Johann Georg Halske, mecánico entusiasta de la técnica, y su primo, el banquero Johann Georg Siemens, de quien procedían los primeros 6.842
táleros del capital inicial de la empresa